DNA快速檢測的雲計(jì)算(suàn)平台可(kě)能帶來(lái)的變革與進步
來(lái)源:
作(zuò)者:
DNA快速檢測設備,自二代測序的技(jì)術(shù)問世以來(lái),就一直是研究和(hé)臨床領域關注的重點。随着整個(gè)行(xíng)業的技(jì)術(shù)發展,二代測序也帶動了整個(gè)基因研究的産業鏈。在二代測序的産業鏈中,上(shàng)遊做(zuò)檢測,中遊做(zuò)分析,下遊做(zuò)應用。在測序價格持續下降的情況下,中遊測序數(shù)據的生(shēng)物信息學分析成為(wèi)了提高(gāo)效率最大(dà)的瓶頸。
傳統的測序數(shù)據分析依賴于本地服務器(qì)的性能。而可(kě)以預見的是不斷下降的測序價格将會(huì)帶來(lái)更多(duō)海量測序數(shù)據的産生(shēng),而巨大(dà)數(shù)量的測序數(shù)據無疑會(huì)延長獲得(de)測序分析結果的時(shí)間(jiān)。目前可(kě)能較好的解決方法是通(tōng)過雲計(jì)算(suàn)的方式去做(zuò),雲計(jì)算(suàn)的優勢在于能夠通(tōng)過分布式計(jì)算(suàn)對大(dà)數(shù)據進行(xíng)處理(lǐ),從而極大(dà)提升運算(suàn)效率以及降低(dī)成本。
目前國外的雲計(jì)算(suàn)平台Seven Bridge已經做(zuò)的比較成熟,對二代測序數(shù)據也能夠進行(xíng)快速分析。缺點是作(zuò)為(wèi)典型的pipeline式分析,對用戶的要求比較高(gāo),對于國內(nèi)用戶群體(tǐ)的使用會(huì)有(yǒu)一些(xiē)障礙。而在國內(nèi)的雲計(jì)算(suàn)平台中,GCBI将于2016年2月底發布新的全基因組測序分析平台,雖然還(hái)沒有(yǒu)公布具體(tǐ)的信息,但(dàn)是希望能夠體(tǐ)現基本功能的高(gāo)效率和(hé)高(gāo)可(kě)用性。
接下來(lái)我們看看在不同的領域,測序的雲計(jì)算(suàn)平台可(kě)能帶來(lái)的變革與進步。
科研領域
科研研究者一直是測序的重要使用群體(tǐ),由于測序成本的持續降低(dī)及更多(duō)的測序服務供應商選擇,可(kě)以預見的是測序數(shù)據的産量與規模大(dà)幅度提升。而這部分數(shù)據是必然需要分析的,在沒有(yǒu)大(dà)規模數(shù)據分析平台之前,分析的效率受限于本地服務器(qì)的規模,數(shù)據量越大(dà),分析的時(shí)間(jiān)也越久。而測序的雲計(jì)算(suàn)平台将有(yǒu)望突破這個(gè)瓶頸,100個(gè)樣本,1000個(gè)樣本,分析的時(shí)間(jiān)都僅跟1個(gè)樣本的分析時(shí)間(jiān)類似,這将極大(dà)降低(dī)用戶的時(shí)間(jiān)成本。預計(jì)随着數(shù)據分析平台化的出現,科研研究的周期将大(dà)大(dà)縮短(duǎn)。
臨床應用領域
在傳統的診療模式下,臨床醫(yī)生(shēng)需要各種檢查數(shù)據以及查體(tǐ)來(lái)對病人(rén)進行(xíng)診斷。一旦分子層面的檢測在臨床進行(xíng)開(kāi)展,雲計(jì)算(suàn)平台可(kě)以通(tōng)過對同一種疾病臨床數(shù)據及分子檢測數(shù)據的收集和(hé)快速分析,對特定的病人(rén)給出相應的輔助診斷參考,甚至給予相應的用藥方案。臨床醫(yī)生(shēng)在合理(lǐ)應用的情況下,整個(gè)診斷的過程将會(huì)變得(de)更快速以及更準确。如果未來(lái)疾病的發展演變成依據分子水(shuǐ)平的變化進行(xíng)分類,那(nà)麽諸如GCBI等雲計(jì)算(suàn)平台對臨床的幫助會(huì)更大(dà)。
個(gè)人(rén)健康
随着測序技(jì)術(shù)在醫(yī)療領域的應用,市面上(shàng)已經有(yǒu)不少(shǎo)針對個(gè)人(rén)健康的檢測業務了,檢測方法包括個(gè)人(rén)全基因組測序、定制(zhì)化基因芯片等等。而這些(xiē)數(shù)據的分析與解讀也會(huì)随着檢測成本的下降變得(de)越來(lái)越普遍。當每個(gè)人(rén)都會(huì)去做(zuò)這樣的檢測時(shí),雲計(jì)算(suàn)平台将有(yǒu)望對這部分數(shù)據的快速解讀提供可(kě)行(xíng)的解決方案。個(gè)人(rén)用戶将更快速地獲取自己的結果報告。
合作(zuò)模式
鑒于生(shēng)物信息雲計(jì)算(suàn)平台的強大(dà)功能,有(yǒu)望在平台與科研單位、臨床研究者甚至企業之間(jiān)搭建各種各樣的合作(zuò)模式。科研單位與雲平台的合作(zuò)能加快科研成果的輸出,雲平台可(kě)以幫助科研單位進行(xíng)成果的轉化與應用;臨床研究者可(kě)以借助雲平台進行(xíng)輔助診斷,雲平台通(tōng)過臨床數(shù)據的輸入不斷使診斷模型優化;企業通(tōng)過雲平台可(kě)以推廣自有(yǒu)産品,雲平台也可(kě)以給用戶提供更多(duō)樣的供應商選擇。
可(kě)以預見的是,生(shēng)物信息雲計(jì)算(suàn)平台的強大(dà)能力不僅僅會(huì)體(tǐ)現在其計(jì)算(suàn)能力上(shàng),臨床應用,合作(zuò)轉化等方面都可(kě)以展現其潛力。就讓我們拭目以待看看雲計(jì)算(suàn)平台的發展吧(ba)。